Analysis of THE STAR: Ding's 95% synthesis score.

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  • Updated 5 years ago
I won't necessarily do the analysis myself. I'm posting so people can have an easy access to the results from different sources. I hope people will give their insights about the results I've gotten so far.

I'll start with the pictures comparing both shapes in eteRNA:

The target shape was:


The red dots signify the nucleotides that didn't bind.



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I ran the sequence through RNAfold and these were the results that I got:



The free energy of the thermodynamic ensemble is -58.42 kcal/mol.
The frequency of the MFE structure in the ensemble is 97.47 %.
The ensemble diversity is 0.06 .



MFE structure drawing encoding positional entropy





___________________________________________________

I played some more around with RNAshape. Here is the data I gathered:

RNASHAPE:

Energy range: 10%

Shape folding:

Output:-58.40 .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]


Stucture graph: Flawless.

Complete suboptimal folding

-53.30 .......(((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....)))))...................... [[][][][]]


-54.40 ......((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))..................... [[][][][]]
-54.00 .....(((((((.....(((((....))))).....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]
-53.70 .....(((((((....((((((....)))))).....(((((....))))).....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]
-53.40 .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))......((((....))))......((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]
-54.10 .....(((((((....((((((....))))))....((((((....)))))).....(((((....))))).....((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]
-58.40 .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]
-53.10 .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....(((.((....)).)))....))))))).................... [[][][][]]
-54.50 .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((.(((....))).))....))))))).................... [[][][][]]
-54.10 .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....)))))).....(((((....))))).....))))))).................... [[][][][]]
-53.10 .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))......((((....))))......))))))).................... [[][][][]]
-53.00 .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....)))))).......(((....))).......))))))).................... [[][][][]]
-53.80 .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....(((.((....)).)))....((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]
-54.30 .....(((((((....((((((....))))))....(((.((....)).)))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]
-53.90 .....(((((((....((((((....))))))....((.(((....))).))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]
-54.30 .....(((((((....(((.((....)).)))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]
-54.10 .....(((((((....((.(((....))).))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... [[][][][]]
-54.50 .....((((((.....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....)))))).....)))))).................... [[][][][]]
-53.90 .....(((((......((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))......))))).................... [[][][][]]
-53.90 .....((.((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....)))).)).................... [[][][][]]

Shape probability (default+shape type 3) analysis mode

-58.40 (0.9842813) .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... 0.9924587 [[][][][]]


-54.30 (0.0012707) .....(((((((....(((.((....)).)))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... 0.0022287 [[[]][][][]]


-54.30 (0.0012707) .....(((((((....((((((....))))))....(((.((....)).)))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... 0.0019757 [[][[]][][]]


-54.50 (0.0017578) .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((.(((....))).))....))))))).................... 0.0019627 [[][][][[]]]


-53.90 (0.0006640) .....((.((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....)))).)).................... 0.0007395 [[[][][][]]]


-53.80 (0.0005645) .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....(((.((....)).)))....((((((....))))))....))))))).................... 0.0006141 [[][][[]][]]
-50.20 (0.0000016) .....(((((((....(((.((....)).)))....(((.((....)).)))....((((((....))))))....((((((....))))))....))))))).................... 0.0000044 [[[]][[]][][]]
-50.40 (0.0000023) .....(((((((....(((.((....)).)))....((((((....))))))....((((((....))))))....((.(((....))).))....))))))).................... 0.0000044 [[[]][][][[]]]
-50.40 (0.0000023) .....(((((((....((((((....))))))....(((.((....)).)))....((((((....))))))....((.(((....))).))....))))))).................... 0.0000039 [[][[]][][[]]]
-49.80 (0.0000009) .....((.((((....(((.((....)).)))....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....)))).)).................... 0.0000015 [[[[]][][][]]]
-49.70 (0.0000007) .....(((((((....(((.((....)).)))....((((((....))))))....(((.((....)).)))....((((((....))))))....))))))).................... 0.0000014 [[[]][][[]][]]
-49.80 (0.0000009) .....((.((((....((((((....))))))....(((.((....)).)))....((((((....))))))....((((((....))))))....)))).)).................... 0.0000013 [[[][[]][][]]]
-50.00 (0.0000012) .....((.((((....((((((....))))))....((((((....))))))....((((((....))))))....((.(((....))).))....)))).)).................... 0.0000013 [[[][][][[]]]]
-49.70 (0.0000007) .....(((((((....((((((....))))))....(((.((....)).)))....(((.((....)).)))....((((((....))))))....))))))).................... 0.0000012 [[][[]][[]][]]
-49.90 (0.0000010) .....(((((((....((((((....))))))....((((((....))))))....(((.((....)).)))....((.(((....))).))....))))))).................... 0.0000012 [[][][[]][[]]]
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Posted 9 years ago

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salish99

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nice overview!