SentRNA preprint, and a thank you to the community

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  • Updated 2 years ago
Hey all,
Took me a while to find this forum, so this comes a bit late, but for all interested, the preprint for SentRNA, one of the techniques discussed at the Eterna100 summit, is out:
https://arxiv.org/abs/1803.03146?utm_source=feedburner&utm_medium=feed&utm_campaign=Feed%3A+...

I'd also like to take this opportunity to thank the EteRNA community for making this project possible, and also to several of you who have already given me some great feedback on the paper. It's been a lot of fun working on this and I hope SentRNA can help inspire future directions and advances in RNA design!

Jade
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jadeshi

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Posted 2 years ago

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Eli Fisker

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I find this last sentence very promising:

"We posit that SentRNA, if trained on experimentally validated player solutions, could yield comparable, if not better, results since it learns in a purely data driven manner and can therefore potentially learn a much richer set of strategies from the data instead of relying on a limited set of hand-coded strategies."

I very much look forward to your continuation. :) Best of luck!




 

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cynwulf28

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I have tried to access the link to print, but it isn't opening up for me. Am I perhaps doing something wrong?
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Omei Turnbull, Player Developer

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Seems the whole site is unavailable right now.  Presumably a temporary glitch.
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cynwulf28

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Thank you
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cynwulf28

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I gave the paper a cursory review, looks pretty good. I was curious though as to which puzzles exactly were used for this study. You mention the new progression, but that only accounts for part of the 724 puzzles used. 
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jadeshi

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Here's a full list of all 724 puzzles. Planning to include a list of this in the next revision in the SI:

1 "[Gene Synthesizer] Level 1 of 14" .....(((((((((..((((((....))))))..))))))))).....
2 "[Gene Synthesizer] Level 2 of 14" ((((.....))))
3 "[Gene Synthesizer] Level 3 of 14" ((.((((((....)))...))).)).
4 "[Gene Synthesizer] Level 4 of 14" ((......))
5 "[Gene Synthesizer] Level 5 of 14" (((.......)))
6 "[Gene Synthesizer] Level 6 of 14" .....((((((....(((...........))))))))).....
7 "[Gene Synthesizer] Level 7 of 14" ...(((((((((....))))(.((........)).))))))..
8 "[Gene Synthesizer] Level 8 of 14" (....).
9 "[Gene Synthesizer] Level 9 of 14" .(....)
10 "[Gene Synthesizer] Level 12 of 14" .......(((..(((.(((....))).)))...((((...((((....)))).))))....))).........
11 "[Gene Synthesizer] Level 13 of 14" ............((((((((...((...............))....(((((.......)))))))))))))
12 "[Gene Synthesizer] Level 14 of 14" .((((((((.(...).((((....)))).)))))))).....
13 "[Thermocycler] Level 1 of 11" (((((((((((....))))))))))).....
14 "[Thermocycler] Level 2 of 11" ....((((((.((..((((....)))).))..))))))......
15 "[Thermocycler] Level 3 of 11" .(((((((((((...)))))....)))))).
16 "[Thermocycler] Level 4 of 11" .(((((((((((...)))))....)))))).
17 "[Thermocycler] Level 5 of 11" ................................................
18 "[Thermocycler] Level 6 of 11" ((((....((((...((((..((((.((((....))))....))))....))))....))))....))))
19 "[Thermocycler] Level 7 of 11" .....((((((((...((((((...((((((....))))))...))))))...))))))))....................
20 "[Thermocycler] Level 8 of 11" .....((((((((...((((((...((((((....))))))...))))))...))))))))....................
21 "[Thermocycler] Level 9 of 11" ..............................................
22 "[Thermocycler] Level 10 of 11" ((((.....((...)).....))))
23 "[Thermocycler] Level 11 of 11" .....((((.(((..(((......)))..))).(((.((((.(((.....))).(((.......))))))).....))).))))....................
24 "[Next-Generation Sequencer] Level 1 of 11" ....((((((((((((....))))))))))))
25 "[Next-Generation Sequencer] Level 2 of 11" (((((......)))))
26 "[Next-Generation Sequencer] Level 3 of 11" .(((((((((((...)))))....)))))).
27 "[Next-Generation Sequencer] Level 5 of 11" .(((.((((((....)))))).....((((((((....))))))))(((((....))))).)))
28 "[Next-Generation Sequencer] Level 6 of 11" ..(.(.......).)..
29 "[Next-Generation Sequencer] Level 7 of 11" ((....))
30 "[Next-Generation Sequencer] Level 8 of 11" .....................(((((((((((((.....)))))(((((.(((((((((.......))))))))).......)))))..)))))))).......
31 "[Next-Generation Sequencer] Level 9 of 11" .....(........((((....))))........).....
32 "[Next-Generation Sequencer] Level 10 of 11" .((((.....)))).
33 "[Next-Generation Sequencer] Level 11 of 11" ....((((....(((.((.((....)))))))))))
34 "[RNA Polymerase] Level 1 of 9" ................(..(..(.................)..)..)....
35 "[RNA Polymerase] Level 3 of 9" ......((..........((.........................)).....))..
36 "[RNA Polymerase] Level 4 of 9" (..(....)..)
37 "[RNA Polymerase] Level 5 of 9" ..........((..............................))..
38 "[RNA Polymerase] Level 6 of 9" (..((...))..)
39 "[RNA Polymerase] Level 7 of 9" .....(........(....)........)..
40 "[RNA Polymerase] Level 8 of 9" ..(((((...........)))))...((......))........((((......))))...((..........))..
41 "[RNA Polymerase] Level 9 of 9" .....(((((((((((((((((....))))))))((((.((((....)))).))))((((((((....)))))))))))))))))....................
42 "[Microfluidic Chip] Level 1 of 7" .....(((((((..(......)..))..))))).....
43 "[Microfluidic Chip] Level 2 of 7" ((((.(((....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....))).))))
44 "[Microfluidic Chip] Level 3 of 7" ......(..(....)....)..
45 "[Microfluidic Chip] Level 4 of 7" ((((((..((((..(((.....))).))))..((((..((((....))))))))..((((((...))).)))..))))))
46 "[Microfluidic Chip] Level 5 of 7" ((((.(((..(((..((.((......)).))......)))..))).((((....((((.......)))).))))..))))
47 "[Microfluidic Chip] Level 6 of 7" .....((.((..(((((.(((....)))(((....)))))).....((((((....)))(((....))).)))))..)).)).....................
48 "[Microfluidic Chip] Level 7 of 7" .....((((.(((..(((......)))..))).(((.((((.(((.....))).(((.......))))))).....))).))))....................
49 "[Gene Synthesizer] Level 11 of 14" ......(((((...)))))....(((((....)))))......
50 "[Gene Synthesizer] Level 10 of 14" .((((.(((...))).(((...))).)))).
51 "P4P6 Group 1 Intron" ...((((((...(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..)).))))((...((((...((((((((.....))))))))..)))))).....
52 "hHAR1" ((((((.(((((((...........(((.((.((((...(((((.(((....))).))))).)))).)).))).((((((.....((....))...)))))).)))))))..))))))..............................
53 "cHAR1" ((((((.((((((((..............((.((((.....(((.(((....))).)))...)))).)).....((((((................))))))))))))))..))))))..............................
54 "P4P6 Scrambled" .((((..((((((((........))))...((((((.(((.(((((...(((((.....)))))..((((((.....))))..))........)))))...((((((.......)))))).))).)))))).)))).))))........((((......)))).....
55 "hHAR1 10mM MgCl2" ((((((.(((((((...........(((.((.((((...(((((.(((....))).))))).)))).)).))).((((((.....((....))...)))))).)))))))..))))))..............................
56 "Improve "Bulged Star NUPACK design 01" with "Direction of GC pairs +neck area" strategy" .....((((.(((....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....))).))))....................
57 "Improve "Bulged Star NUPACK design 01" with "Numbers of yellow nucleotides pr. length of string" strategy" .....((((.(((....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....))).))))....................
58 "Improve "Bulged Star NUPACK design 01" with "Repetition" strategy" .....((((.(((....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....))).))))....................
59 "Improve "Bulged Star NUPACK design 01" with "Simplified Berex Test" strategy" .....((((.(((....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....))).))))....................
60 "Improve "Bulged Star NUPACK design 02" with "Direction of GC pairs + neck area" strategy" .....((((.(((....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....))).))))....................
61 "Improve "Bulged Star NUPACK design 02" with "Numbers of yellow nucleotides pr. length of string" strategy" .....((((.(((....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....))).))))....................
62 "Improve "Bulged Star NUPACK design 02" with "Repetition" strategy" .....((((.(((....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....))).))))....................
63 "Improve "Bulged Star NUPACK design 02" with "Simplified Berex Test" strategy" .....((((.(((....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....(((.(((....))).)))....))).))))....................
64 "Improve "The Branches NUPACK bot design 2" with "Direction of GC pairs + neck area" strategy" .....(((((((..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..)))))))....................
65 "Improve "The Branches NUPACK bot design 2" with "Numbers of yellow nucleotides pr. length of string" strategy" .....(((((((..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..)))))))....................
66 "Improve "The Branches NUPACK bot design 2" with "Repetition" strategy" .....(((((((..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..)))))))....................
67 "Improve "The Branches NUPACK bot design 2" with "Simplified Berex Test" strategy" .....(((((((..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..)))))))....................
68 "Improve "The Branches NUPACK bot design 8" with "Direction of GC pairs + neck area" strategy" .....(((((((..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..)))))))....................
69 "Improve "The Branches NUPACK bot design 8" with "Numbers of yellow nucleotides pr. length of string" strategy" .....(((((((..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..)))))))....................
70 "Improve "The Branches NUPACK bot design 8" with "Repetition" strategy" .....(((((((..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..)))))))....................
71 "Improve "The Branches NUPACK bot design 8" with "Simplified Berex Test" strategy" .....(((((((..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..(((((.((((....)))).((((....)))).)))))..)))))))....................
72 "Project : tttt" ..........................
73 "Project : Example project" ((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))
74 "Project : Example project 2" .....(((((((.((.(((...)))).)))))))).....
75 "Project : 2-2 loop" ((((..((((.((((...)))).))))..))))
76 "Project : JerryP's winning design without tetraloop boost" ((((......((((......((((.....)))).....)))).....))))
77 "Project : 4-4 loop" ((((....((((...))))....))))
78 "Project : Isolated Closing Pairs 1" .((((.(((((....).)))).((((.......)))).((((.(...).)))).)))).
79 "Project : Repetitive Structures" ....(((..((((..((((..((((..(((....)))..))))..))))..))))..)))
80 "Project : Isolated Closing Pairs 2" .((((..((((..(...)..))))..((((.........))))..)))).
81 "Project : Fractal RNA" .....((((((....)))(((.....)))(((....)))))).....
82 "Project : Loop Heavy" .((..((...((....((.((...((....))..))..))....))...))..)).
83 "Project : Cytosine reduction" .............................((..((((.(((......))).))))..)).
84 "Project : Multiloop Isolated Closing Pairs" (((((..(...)..(((((...(((((....)))))..(....)..)))))....)))))
85 "Project : Hooked" ((((.((((.((((.((((.((((.(...).))))..))))..))))..))))..))))
86 "Project : Large Loop" (((((..((((....)))).(........(((((....)))))........)..)))))
87 "Project : Nupack's Finger Revisited" ((((((((...((((((...((((((....))))))...))))))...))))))))
88 "Project : Plain Hooked" ((((.((((.((((.((((.((((.....))))..))))..))))..))))..))))
89 "Project :  Chesterfield's-The Mousekateer" (((((........)))))......(((((........)))))
90 "Project : Hairpins: Triloop" .(((((...))))).
91 "Project : Hairpins: Tetraloop" .(((((....))))).
92 "Project : Hairpins: Pentaloop" .(((((.....))))).
93 "Project : Hairpins: Hexaloop" .(((((......))))).
94 "Project : Hairpins: Heptaloop" .(((((.......))))).
95 "Project : Tobramycin Aptamer" ((((((((((......)).))))))))
96 "Project : FMN-RNA aptamer complex lab " ((((......((((......((((....)))).....)))).....))))
97 "Project : Internal Loops: 6-3" .(((((......(((((....)))))...))))).
98 "Project : Internal Loops: 5-2" .(((((.....(((((....)))))..))))).
99 "Project : Adenine Reduction" ((.(((.....))).)).........(((((.((.((((.....)))))).)))))....
100 "Project : Alternative Mismatches" ((((.(((((.....(((((....((((....))))....)))))..)))))....))))
101 "Project : Isolated Closing Pairs 3" .(((((.......(.......(((((....))))).......).......))))).
102 "Project : Large Isolated Hairpin" ((((((.(.............................).(((((....))))))))))).
103 "Project : Uracil Reduction" (.((((....((.(((.....((....))....)))..))..)))).)............
104 "Project : Guanine Reduction" ...................(((...(((((((....)))).))).....)))........
105 "Project : Bulge test" .((((..((((..((((..((((((.....)).)).))..)).))..)).))..)).)).
106 "Project : test" ((((....))))
107 "Project : All red and blue" ((..(.((..(..((.(..(..((.........))..)..).))..)..)).)..))...
108 "Project : Reshiram ..((((((((..((((....)))))))).((((.((((.....))))..)))).))))..
109 "Project : S&E5 Modified" ..(.((.(...(.(((((....))))).)...).).))..
110 "Project : Sharklike V-1 (SHAPE data Exp-1)" (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
111 "Project : Sharklike V-2 (SHAPE data Exp-2)" .((((((.((((((......)))))).......((((.....))))...)))))).
112 "Project : 30 Nucleotide Loop 1 - Symmetric Internal Loop" .(((((((...............(((((....)))))...............))))))).
113 "Project : 30 Nucleotide Loop 2 - Asymmetric Internal Loop" .((((((....................((((((....))))))..........)))))).
114 "Project : Two bulges and a 1-2 loop (reverse)" .....((((.(.(.((((.....)))))..))))).....
115 "Project : 30 Nucleotide Loop 3 - Bulge Internal Loop" .((((((..............................((((((....)))))))))))).
116 "Project : Saccharomyces Cerevisiae Loop Structure" (((((((((....)))).((...............))....((((....))))))))).
117 "Project : Half of The Branches" ((((((.((((....)))).((((....)))).))))))
118 "Project : Pseudoknot 1: Minimal" ((((.....)))).........
119 "Project : Pseudoknot 2: Biotin-Binding Pseudoknot" .......((((((...........))))))
120 "Project : Sample puzzle for lab" ((((.((((((((...))))...)))).((((...))))((((...)))).))))
121 "Project : Lab design for newer players" ((((.((((...)))).((((...)))).((((..(((...))).)))).))))
122 "Project : Two stacks" ((((((((((((...)))))))))))).((((((((((((.....))))))))))))
123 "Project : comparison series: 1-1" (((((((.(((((....))))).)))))))
124 "Project : comparison series: 2-2" (((((((..(((((....)))))..)))))))
125 "Project : comparison series:" (((((((...(((((....)))))...)))))))
126 "Project : comparison series: 4-4" (((((((....(((((....)))))....)))))))
127 "Project : comparison series: 6-6" (((((((......(((((....)))))......)))))))
128 "Project : comparison series: 7-7" (((((((.......(((((....))))).......)))))))
129 "Project : comparison series: 8-8" (((((((........(((((....)))))........)))))))
130 "Project : comparison series: 9-9" (((((((.........(((((....))))).........)))))))
131 "Project : comparison series: 10-10" (((((((..........(((((....)))))..........)))))))
132 "Project : comparison series: 11-11" (((((((...........(((((....)))))...........)))))))
133 "Project : comparison series: 12-12" (((((((............(((((....)))))............)))))))
134 "Project : comparison series: 13-13" (((((((.............(((((....))))).............)))))))
135 "Project : comparison series: 14-14" (((((((..............(((((....)))))..............)))))))
136 "Project : comparison series: 15-15" (((((((...............(((((....)))))...............)))))))
137 "Project : comparison series: 15-14" (((((((...............(((((....)))))..............)))))))
138 "Project : comparison series: 15-13" (((((((...............(((((....))))).............)))))))
139 "Project : comparison series: 15-12" (((((((...............(((((....)))))............)))))))
140 "Project : comparison series: 15-11" (((((((...............(((((....)))))...........)))))))
141 "Project : comparison series: 15-10" (((((((...............(((((....)))))..........)))))))
142 "Project : comparison series: 15-9" (((((((...............(((((....))))).........)))))))
143 "Project : comparison series: 15-8" (((((((...............(((((....)))))........)))))))
144 "Project : comparison series: 15-7" (((((((...............(((((....))))).......)))))))
145 "Project : comparison series: 15-6" (((((((...............(((((....)))))......)))))))
146 "Project : comparison series: 15-5" (((((((...............(((((....))))).....)))))))
147 "Project : comparison series: 15-4" (((((((...............(((((....)))))....)))))))
148 "Project : comparison series: 15-3" (((((((...............(((((....)))))...)))))))
149 "Project : comparison series: 15-2" (((((((...............(((((....)))))..)))))))
150 "Project : comparison series: 15-1" (((((((...............(((((....))))).)))))))
151 "Project : comparison series: 14-15" (((((((..............(((((....)))))...............)))))))
152 "Project : comparison series: 13-15" (((((((.............(((((....)))))...............)))))))
153 "Project : comparison series: 12-15" (((((((............(((((....)))))...............)))))))
154 "Project : comparison series: 11-15" (((((((...........(((((....)))))...............)))))))
155 "Project : comparison series: 10-15" (((((((..........(((((....)))))...............)))))))
156 "Project : comparison series: 9-15" (((((((.........(((((....)))))...............)))))))
157 "Project : comparison series: 8-15" (((((((........(((((....)))))...............)))))))
158 "Project : comparison series: 7-15" (((((((.......(((((....)))))...............)))))))
159 "Project : comparison series: 6-15" (((((((......(((((....)))))...............)))))))
160 "Project : comparison series: 5-15" (((((((.....(((((....)))))...............)))))))
161 "Project : comparison series: 4-15" (((((((....(((((....)))))...............)))))))
162 "Project : comparison series: 3-15" (((((((...(((((....)))))...............)))))))
163 "Project : comparison series: 2-15" (((((((..(((((....)))))...............)))))))
164 "Project : comparison series: 1-15" (((((((.(((((....)))))...............)))))))
165 "Project : chain lengh an loop size series 1-3" ((......(((((((...))))((((...))))((((...)))))))......))
166 "Project : chain length and loop size series 1-4" ((......((((((....))))((((....))))((((....))))))......))
167 "Project : chain length and loop size series 1-5" ((......((((((.....))))((((.....))))((((.....))))))......))
168 "Project : chain length and loop size series 1-8" ((......(((((((...))))((((...))))((((...)))))))......))
169 "Project : chain lenth and loop size series 1-9" ((....((((((....))))((((....))))((((....))))))....))
170 "Project : Chain length and loop size series 1-10" ((..((((((....))))((((....))))((((....))))))..))
171 "Project : 3-4 and 1-2 loops" ((((((((...(((((((((((.((((....))))..)))))))))))....))))))))
172 "Project : Multiloop: 3 Branches .(((((....)))))(((((....)))))(((((....))))).
173 "Project : Multiloop: 3 Branches Unevenly Spaced (1)" .(((((....(((((....))))).(((((....)))))....))))).
174 "Project : Multiloop: 3 Branches Unevenly Spaced (2)" .(((((....(((((....)))))(((((....)))))....))))).
175 "Project : Multiloop: 4 Branches Separated by Single Unpaired Bases" .(((((.(((((....))))).(((((....))))).(((((....))))).))))).
176 "Project : comparison series: Triloop  " (((((((.(((((...))))).)))))))
177 "Project : comparison series: Pentaloop  " (((((((.(((((.....))))).)))))))
178 "Project : comparison series: Hexaloop  " (((((((.(((((......))))).)))))))
179 "Project : comparison series: Heptaloop" (((((((.(((((.......))))).)))))))
180 "Project : comparison series: Octaloops" (((((((.(((((........))))).)))))))
181 "Project : Five Branch Multiloop" (((((((((....))))((((....))))((((....))))((((....))))))))).
182 "Project : Mat - comparison series: Hairpin loop with 9 nts- D1" (((((((.(((((.........))))).)))))))
183 "Project : Mat - comparison series: Hairpin loop with 10 nts" (((((((.(((((..........))))).)))))))
184 "Project : comparison series: Hairpin loop with 11 nts" (((((((.(((((...........))))).)))))))
185 "Project : comparison series: Hairpin loop with 12 nts" (((((((.(((((............))))).)))))))
186 "Project : comparison series: Hairpin loop with 13 nts" (((((((.(((((.............))))).)))))))
187 "Project : comparison series: Hairpin loop with 14 nts" (((((((.(((((..............))))).)))))))
188 "Project : comparison series: Hairpin loop with 15 nts" (((((((.(((((...............))))).)))))))
189 "Project : Mat - comparison series: 3-2 - D1" (((((((...(((((....)))))..)))))))
190 "Project : comparison series: 4-2" (((((((....(((((....)))))..)))))))
191 "Project : comparison series: 5-2" (((((((.....(((((....)))))..)))))))
192 "Project : comparison series: 6-2" (((((((......(((((....)))))..)))))))
193 "Project : comparison series: 7-2" (((((((.......(((((....)))))..)))))))
194 "Project : comparison series: 8-2" (((((((........(((((....)))))..)))))))
195 "Project : comparison series: 9-2" (((((((.........(((((....)))))..)))))))
196 "Project : comparison series: 10-2" (((((((..........(((((....)))))..)))))))
197 "Project : Fisker - 2-2 loop energy challenge" (((((((...((((((..((((((.....))))))..))))))...)))))))
198 "Project : comparison series: 2-3" (((((((..(((((....)))))...)))))))
199 "Project : comparison series: 2-4" (((((((..(((((....)))))....)))))))
200 "Project : comparison series: 2-5" (((((((..(((((....))))).....)))))))
201 "Project : comparison series: 2-6" (((((((..(((((....)))))......)))))))
202 "Project : comparison series: 2-7" (((((((..(((((....))))).......)))))))
203 "Project : Crossroads test" ...((((((....)))(((....))))))...
204 "Project : comparison series: 2-8" (((((((..(((((....)))))........)))))))
205 "Project : comparison series: 2-9" (((((((..(((((....))))).........)))))))
206 "Project : comparison series: 2-10" (((((((..(((((....)))))..........)))))))
207 "Project : GU-pin shape test" .....(((.(((((.....))))).))).....(....)
208 "Project : Zigzag: 1-Nucleotide Bulge (1)" .((((.(((((....)))).))))).
209 "Project : Zigzag: 1-Nucleotide Bulge (2)" .(((((.((((....))))).)))).
210 "Project : Zigzag: 1-Nucleotide Bulge (3)" .((((.(.((((....))))))))).
211 "Project : Zigzag: 1-Nucleotide Bulge (4)" .(((((((((....)))).).)))).
212 "Project : Isolated Base Pairs: Adjacent 2-1-Loops (4)" .((((.(.((((....))))..)..)))).
213 "Project : Isolated Base Pairs: Adjacent 2-1 Loops (3)" .((((..(..((((....)))).).)))).
214 "Project : Isolated Base Pairs: Adjacent 2-1 Loops (2)" .((((..(.((((....))))..).)))).
215 "Project : Isolated Base Pairs: Adjacent 2-1 Loops (1)" .((((.(..((((....)))).)..)))).
216 "Project : Isolated Base Pairs: 2-2 Loops Adjacent to Multiloop" .(((((...(..((((....))))..)...(..((((....))))..)...))))).
217 "Project : 3 single nucleotide bulges" ((((((((((((.((((((((((((((....)))))))).))))))))))).)))))))
218 "Project : Bulge Sampler: 1-nt" .(((.((((((((....)))).)))).((((.((((....)))))))).))).
219 "Project : Bulge Sampler: 2-nt" .(((.((((((((....))))..)))).((((..((((....)))))))).))).
220 "Project : Bulge Sampler: 3-nt" .(((.((((((((....))))...)))).((((...((((....)))))))).))).
221 "Project : Bulge Sampler: 4-nt" .(((.((((((((....))))....)))).((((....((((....)))))))).))).
222 "Project : Neck Length 2 - 4 branch multiloop" ...........((.((((....)))).((((....)))).((((....)))).)).....
223 "Project : Hard Lab Fragments: Water Strider Arm" .(((.(((....)))(((....)))))).
224 "Project : Hard Lab Fragments: Making it Up As I Go Multiloop" .((((.(((.....))).(((.......))))))).
225 "Project : Hard Lab Fragments: Kudzu Neck" .(((.(..(.(((....))).)..).))).
226 "Project : Hard Lab Fragments: Kudzu Arm" .((.((((.((...)))).)))).
227 "Project : Testing various loop designs" ........(((....((((....)))))))........
228 "Project : Multiloop: Two Pairs of Adjacent Stacks" .(((((......((((....))))((((....))))......((((....))))))))).
229 "Project : Test of RNAfold (1)" .((((((....(((.((.....))..)))((((....)))).....))).))).......
230 "Project : Test of RNAfold (2)" .(((((....(((((.........)))))((((....)))).....))))).........
231 "Project : Test of RNAfold (3)" .((((..(((....)))...((((....(((((((.....))).))))...)))))))).
232 "Project : Test of RNAfold (4)" .((((..(((....)))..((((....(((.((((...))))..)))..))))..)))).
233 "Project : Test of RNAfold (5)" .((((..((((...((((.....))))))))..(((.(((....)))...)))..)))).
234 "Project : Thicker Zigzag" .....((((.((((.((((.....)))))).)))))).....
235 "Project : Green Plimsole" ..((((...))))......((((...))))..
236 "Project : 3-3 + 5*" (.(...(((((((...(...)...)))))))...)).
237 "Project : comparison series: ML-I 1-1-1" (((((((.(((((....))))).(((((....))))).)))))))
238 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2" (((((((..(((((....)))))..(((((....)))))..)))))))
239 "Project : comparison series: ML-I 3-3-3" (((((((...(((((....)))))...(((((....)))))...)))))))
240 "Project : comparison series: ML-I 4-4-4" (((((((....(((((....)))))....(((((....)))))....)))))))
241 "Project : comparison series: ML-I 5-5-5" (((((((.....(((((....))))).....(((((....))))).....)))))))
242 "Project : comparison series: ML-I 6-6-6" (((((((......(((((....)))))......(((((....)))))......)))))))
243 "Project : comparison series: ML-I 1-2-1" (((((((.(((((....)))))..(((((....))))).)))))))
244 "Project : comparison series: ML-I 1-3-1" (((((((.(((((....)))))...(((((....))))).)))))))
245 "Project : comparison series: ML-I 1-4-1" (((((((.(((((....)))))....(((((....))))).)))))))
246 "Project : comparison series: ML-I 1-5-1" (((((((.(((((....))))).....(((((....))))).)))))))
247 "Project :  comparison series: ML-I 1-6-1" (((((((.(((((....)))))......(((((....))))).)))))))
248 "Project : comparison series: ML-I 1-7-1" (((((((.(((((....))))).......(((((....))))).)))))))
249 "Project : comparison series: ML-I 1-8-1" (((((((.(((((....)))))........(((((....))))).)))))))
250 "Project : comparison series: ML-I 1-9-1" (((((((.(((((....))))).........(((((....))))).)))))))
251 "Project : comparison series: ML-I 1-10-1" (((((((.(((((....)))))..........(((((....))))).)))))))
252 "Project : comparison series: ML-I 2-10-2" (((((((..(((((....)))))..........(((((....)))))..)))))))
253 "Project : comparison series: ML-I 3-10-3" (((((((...(((((....)))))..........(((((....)))))...)))))))
254 "Project : comparison series: ML-I 4-10-4" (((((((....(((((....)))))..........(((((....)))))....)))))))
255 "Project : comparison series: ML-I 5-8-5" (((((((.....(((((....)))))........(((((....))))).....)))))))
256 "Project : comparison series: ML-I 7-4-7" (((((((.......(((((....)))))....(((((....))))).......)))))))
257 "Project : comparison series: ML-I 8-2-8" (((((((........(((((....)))))..(((((....)))))........)))))))
258 "Project : comparison series: ML-I 2-1-2" (((((((..(((((....))))).(((((....)))))..)))))))
259 "Project : comparison series: ML-I 3-1-3" (((((((...(((((....))))).(((((....)))))...)))))))
260 "Project :   comparison series: ML-I 4-1-4" (((((((....(((((....))))).(((((....)))))....)))))))
261 "Project : comparison series: ML-I 1-1-4" (((((((.(((((....))))).(((((....)))))....)))))))
262 "Project : comparison series: ML-I 2-1-3" (((((((..(((((....))))).(((((....)))))...)))))))
263 "Project : comparison series: ML-I 3-1-2" (((((((...(((((....))))).(((((....)))))..)))))))
264 "Project : comparison series: ML-I 4-1-1" (((((((....(((((....))))).(((((....))))).)))))))
265 "Project : comparison series: ML-I 6-2-2" (((((((......(((((....)))))..(((((....)))))..)))))))
266 "Project : comparison series: ML-I 8-3-3" (((((((........(((((....)))))...(((((....)))))...)))))))
267 "Project : comparison series: ML-I 10-4-4" (((((((..........(((((....)))))....(((((....)))))....)))))))
268 "Project : comparison series: ML-I 4-4-10" (((((((....(((((....)))))....(((((....)))))..........)))))))
269 "Project : comparison series: ML-I 3-3-8" (((((((...(((((....)))))...(((((....)))))........)))))))
270 "Project : comparison series: ML-I 2-2-6" (((((((..(((((....)))))..(((((....)))))......)))))))
271 "Project : comparison series: ML-I 1-1-10" (((((((.(((((....))))).(((((....)))))..........)))))))
272 "Project : comparison series: ML-I 2-2-10" (((((((..(((((....)))))..(((((....)))))..........)))))))
273 "Project : comparison series: ML-I 3-3-10" (((((((...(((((....)))))...(((((....)))))..........)))))))
274 "Project : comparison series: ML-I 10-1-1" (((((((..........(((((....))))).(((((....))))).)))))))
275 "Project : comparison series: ML-I 10-2-2" (((((((..........(((((....)))))..(((((....)))))..)))))))
276 "Project : comparison series: ML-I 10-3-3" (((((((..........(((((....)))))...(((((....)))))...)))))))
277 "Project : comparison series: ML-I 4-7-1" (((((((....(((((....))))).......(((((....))))).)))))))
278 "Project : comparison series: ML-I 1-7-4" (((((((.(((((....))))).......(((((....)))))....)))))))
279 "Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Adjacent to 1-nt Bulge (1)" .(((((.((((....)))).).)))).
280 "Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Adjacent to 1-nt Bulge (3)" .((((.(.((((....)))).))))).
281 "Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Adjacent to 1-nt Bulge (2)" .((((.(((((....)))).).)))).
282 "Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Between 1-nt Bulges (4)" .(((((.(.((((....))))).).)))).
283 "Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Between 1-nt Bulges (3)" .((((.(.(((((....)))).).))))).
284 "Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Between 1-nt Bulges (2)" .((((.(.(.((((....))))).))))).
285 "Project : Isolated Base Pairs: 1-1 Loop Between 1-nt Bulges (1)" .(((((.(((((....)))).).).)))).
286 "Project : Natural RNAs: Hop Stunt Viroid" ....((((.(((..(.(.((...))..))..)))))))...
287 "Project : Natural RNAs: Barley Yellow Dwarf Virus 5' UTR (3)" ..(((.((((((((.......))..))))))..)))..
288 "Project : Natural RNAs: Barley Yellow Dwarf Virus 5' UTR (2)" .((((...((.........))..)))).
289 "Project : Natural RNAs: Barley Yellow Dwarf Virus 5' UTR (1)" ..((((.(((.....)))).)))......((((((......)))))).
290 "Project : Sock" .(((((((...))...))))).
291 "Project : comparison series: B 0-1" ((((((((((((....))))).)))))))
292 "Project : comparison series: B 0-2" ((((((((((((....)))))..)))))))
293 "Project : comparison series: B 0-3" ((((((((((((....)))))...)))))))
294 "Project : comparison series: B 0-4" ((((((((((((....)))))....)))))))
295 "Project : comparison series: B 0-5" ((((((((((((....))))).....)))))))
296 "Project : comparison series: B 1-0" (((((((.(((((....))))))))))))
297 "Project : comparison series: B 2-0" (((((((..(((((....))))))))))))
298 "Project : comparison series: B 3-0" (((((((...(((((....))))))))))))
299 "Project : comparison series: B 4-0" (((((((....(((((....))))))))))))
300 "Project : comparison series: B 5-0" (((((((.....(((((....))))))))))))
301 "Project : jandersonlee's LR15" .(((((((((((((((....))))))))))))))).
302 "Project : janderson's LR12" .((((((((((((....)))))))))))).
303 "Project : LR8" .((((((((....)))))))).
304 "Project : Turtle project Ml 1-1-1-1. 2x4 NT L (((.((....)).((....)).((....)).((....)).)))
305 "Project : Turtle project  Ml 1-1-1-1-1 (((.((....)).((....)).((....)).((....)).((....)).)))
306 "Project : Turtle project Ml 1-1-1 with 3 legs (2NT) (((.((....)).((....)).((....)).)))
307 "Project : Turtle project Ml 1-1 with 2 legs (2NT) (((.((....)).((....)).)))
308 "Project : Turtle project Ml 2-2-2 with 2 legs (2NT) (((..((....))..((....))..)))
309 "Project : Turtle project Ml 2-2-2-2 with 3 legs (2NT) (((..((....))..((....))..((....))..)))
310 "Project : Turtle project Ml 2-2-2-2-2 with 4 legs (2NT) (((..((....))..((....))..((....))..((....))..)))
311 "Project : Turtle project Ml 2-2-2-2-2-2 with 5 legs (2NT) (((..((....))..((....))..((....))..((....))..((....))..)))
312 "Project : Turtle project Ml 3-3-3 with 2 legs (2NT) (((...((....))...((....))...)))
313 "Project : Turtle project Ml 3-3-3-3 with 3 legs (2NT) (((...((....))...((....))...((....))...)))
314 "Project : Turtle project Ml 3-3-3-3-3 with 4 legs (2NT) (((...((....))...((....))...((....))...((....))...)))
315 "Project : Turtle project Ml 4-4-4 with 2 legs (2NT) (((....((....))....((....))....)))
316 "Project : Turtle project Ml 4-4-4-4 with 3 legs (2NT) (((....((....))....((....))....((....))....)))
317 "Project : Turtle project Ml 5-5-5 with 2 legs (2NT) (((.....((....)).....((....)).....)))
318 "Project : Turtle project Ml 5-5-5-5 with 3 legs (2NT) (((.....((....)).....((....)).....((....)).....)))
319 "Project : Turtle project Ml 6-6-6 with 2 legs (2NT) (((......((....))......((....))......)))
320 "Project : Turtle project Ml 6-6-6-6 with 3 legs (2NT) (((......((....))......((....))......((....))......)))
321 "Project : Turtle project Ml 7-7-7 with 2 legs (2NT) (((.......((....)).......((....)).......)))
322 "Project : Turtle project Ml 8-8-8 with 2 legs (2NT) (((........((....))........((....))........)))
323 "Project : Turtle project Ml 9-9-9 with 2 legs (2NT) (((.........((....)).........((....)).........)))
324 "Project : Turtle project Ml 0-0-0. 2 legs (3 NT) ((((((....)))(((....))))))
325 "Project : Turtle project Ml 0-0-0-0 ((((((....)))(((....)))(((....))))))
326 "Project : Turtle project Ml 0-0-0-0-0 ((((((....)))(((....)))(((....)))(((....))))))
327 "Project : Turtle project Ml 1-1-1 (((.(((....))).(((....))).)))
328 "Project : Turtle project Ml 1-1-1-1 (((.(((....))).(((....))).(((....))).)))
329 "Project : Turtle project Ml 1-1-1-1-1 (((.(((....))).(((....))).(((....))).(((....))).)))
330 "Project : Turtle project Ml 2-2-2 (((..(((....)))..(((....)))..)))
331 "Project : Turtle project Ml 2-2-2-2 (((..(((....)))..(((....)))..(((....)))..)))
332 "Project : Turtle project Ml 3-3-3 (((...(((....)))...(((....)))...)))
333 "Project : Turtle project Ml 3-3-3-3 (((...(((....)))...(((....)))...(((....)))...)))
334 "Project : Turtle project Ml 4-4-4- (((....(((....)))....(((....)))....)))
335 "Project : Turtle project Ml 4-4-4-4 (((....(((....)))....(((....)))....(((....)))....)))
336 "Project : Turtle project Ml 5-5-5 (((.....(((....))).....(((....))).....)))
337 "Project : Turtle project Ml 5-5-5-5 (((.....(((....))).....(((....))).....(((....))).....)))
338 "Project : Turtle project Ml 6-6-6 (((......(((....)))......(((....)))......)))
339 "Project : Turtle project Ml 6-6-6-6 (((......(((....)))......(((....)))......(((....)))......)))
340 "Project : Turtle project Ml 7-7-7 (((.......(((....))).......(((....))).......)))
341 "Project : Turtle project Ml 8-8-8 (((........(((....)))........(((....)))........)))
342 "Project : Turtle project Ml 10-10-10 (((..........(((....)))..........(((....)))..........)))
343 "Project : Turtle project Ml 11-11-11 (((...........(((....)))...........(((....)))...........)))
344 "Project : comparison series: NNF 2x 1-1 NEAR" (((((((.(((.(((((....))))).))).)))))))
345 "Project : comparison series: NNF 2x 1-1 next" (((((((.((.(((((....))))).)).)))))))
346 "Project : comparison series: NNF 2x 1-1 fused" (((((((.(.(((((....))))).).)))))))
347 "Project : comparison series: NNF 2x 2-2 near" (((((((..(((..(((((....)))))..)))..)))))))
348 "Project : comparison series: NNF 2x 2-2 next" (((((((..((..(((((....)))))..))..)))))))
349 "Project : comparison series: NNF 2x 2-2 fused" (((((((..(..(((((....)))))..)..)))))))
350 "Project : comparison series: NNF 2x 3-3 near" (((((((...(((...(((((....)))))...)))...)))))))
351 "Project : comparison series: NNF  2x 3-3 next" (((((((...((...(((((....)))))...))...)))))))
352 "Project : comparison series: NNF 2x 3-3 fused" (((((((...(...(((((....)))))...)...)))))))
353 "Project : comparison series: NNF 2x 4-4 near" (((((((....(((....(((((....)))))....)))....)))))))
354 "Project : comparison series: NNF 2x 4-4 next" (((((((....((....(((((....)))))....))....)))))))
355 "Project : comparison series: NNF 2x 4-4 fused" (((((((....(....(((((....)))))....)....)))))))
356 "Project : comparison series: NNF 2x 5-5 near" (((((((.....(((.....(((((....))))).....))).....)))))))
357 "Project : comparison series: NNF 2x 5-5 next" (((((((.....((.....(((((....))))).....)).....)))))))
358 "Project : comparison series: NNF 2x 5-5 fused" (((((((.....(.....(((((....))))).....).....)))))))
359 "Project : comparison series: NNF 2x 6-6 near" (((((((......(((......(((((....)))))......)))......)))))))
360 "Project : comparison series: NNF 2x 6-6  next" (((((((......((......(((((....)))))......))......)))))))
361 "Project : comparison series: NNF 2x 6-6 fused" (((((((......(......(((((....)))))......)......)))))))
362 "Project : Turtle project Ml 0-0-0 ((((((....))((....))))))
363 "Project : Turtle project Ml 0-0-0-0-0-0 ((((((....))((....))((....))((....))((....))))))
364 "Project : Turtle project Ml 1-1-1-1-1-1 ((((.((....)).((....)).((....)).((....)).((....)).))))
365 "Project : Turtle project Ml 2-2-2-2-2 ((((..((....))..((....))..((....))..((....))..))))
366 "Project : Turtle project Ml 2-2-2-2-2-2 ((((..((....))..((....))..((....))..((....))..((....))..))))
367 "Project : Turtle project Ml 3-3-3-3-3 ((((...((....))...((....))...((....))...((....))...))))
368 "Project : Turtle project Ml 4-4-4 ((((....((....))....((....))....))))
369 "Project : Turtle project Ml 4-4-4-4-4 ((((....((....))....((....))....((....))....((....))....))))
370 "Project : Turtle project Ml 7-7-7-7 ((((.......((....)).......((....)).......((....)).......))))
371 "Project : Turtle project Ml 9-9-9 ((((.........((....)).........((....)).........))))
372 "Project : Turtle project Ml 12-12-12 ((((............((....))............((....))............))))
373 "Project : Natural RNAs: Iron Response Element" .(((((....(((((......))))).))))).
374 "Project : APC IRES" .((((((....(((((.................))).))......)))))).
375 "Project : Natural RNAs: Coronavirus 3' s2m" .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))).
376 "Project : Natural RNAs: flpD RNA Motif" .((((....((((..(((...(((....))).)))..))))..)))).
377 "Project : Natural RNAs: U1A Polyadenylation Inhibition Element" .((((.......((((.(((...((((....)))).))).......)))).)))).
378 "Project : Natural RNAs: Turnip Crinkle Virus Hairpin" .((((.(((((......(((....)))......))))).)))).
379 "Project : Natural RNAs: U1A PIE" .(((((.......((((.(((((....))))).......)))).))))).
380 "Project : comparison series: 1-2" (((((((.(((((....)))))..)))))))
381 "Project : comparison series: 1-3" (((((((.(((((....)))))...)))))))
382 "Project : comparison series: 1-4" (((((((.(((((....)))))....)))))))
383 "Project : comparison series: 1-5" (((((((.(((((....))))).....)))))))
384 "Project : comparison series: 1-6" (((((((.(((((....)))))......)))))))
385 "Project : comparison series: 1-7" (((((((.(((((....))))).......)))))))
386 "Project : comparison series: 1-8" (((((((.(((((....)))))........)))))))
387 "Project : comparison series: 1-9" (((((((.(((((....))))).........)))))))
388 "Project : comparison series: 1-10" (((((((.(((((....)))))..........)))))))
389 "Project : comparison series: 2-1" (((((((..(((((....))))).)))))))
390 "Project : comparison series: 3-1" (((((((...(((((....))))).)))))))
391 "Project : comparison series: 4-1" (((((((....(((((....))))).)))))))
392 "Project : comparison series: 5-1" (((((((.....(((((....))))).)))))))
393 "Project : comparison series: 6-1" (((((((......(((((....))))).)))))))
394 "Project : comparison series: 7-1" (((((((.......(((((....))))).)))))))
395 "Project : comparison series: 8-1" (((((((........(((((....))))).)))))))
396 "Project : comparison series: 9-1" (((((((.........(((((....))))).)))))))
397 "Project : comparison series: 10-1" (((((((..........(((((....))))).)))))))
398 "Project : Branching Loop - 8 nucleotides" .......((((((((..((((((((....))))))))(........))))))))).
399 "Project : Branching Loop - 6 nucleotides" .......((((((((..((((((((....))))))))(......))))))))).
400 "Project : comparison series: N6-S7" ((((((.(((((((....))))))).))))))
401 "Project : 3-2 and 2-3 loops" (((((((((((...(((((..((((....))))...)))))..)))))))))))
402 "Project : comparison series: N7-S6" ((((((.(((((....))))).))))))
403 "Project : comparison series: NNF 3x 4-4" ((((((....(((....(((....((((....))))....)))....)))....))))))
404 "Project : comparison series: NNF 3x 4-4 next" ((((((....((....((....((((....))))....))....))....))))))
405 "Project : comparison series: NNF 3x 4-4 fused" ((((((....(....(....((((....))))....)....)....))))))
406 "Project :  comparison series: NNF x3 3-3 near" ((((((...(((...(((...((((....))))...)))...)))...))))))
407 "Project :  comparison series: NNF x3 3-3 next" ((((((...((...((...((((....))))...))...))...))))))
408 "Project : comparison series: NNF x3 3-3 fused" ((((((...(...(...((((....))))...)...)...))))))
409 "Project : comparison series: NNF x3 2-2 near" ((((((..(((..(((..((((....))))..)))..)))..))))))
410 "Project :  comparison series: NNF x3 2-2 next" ((((((..((..((..((((....))))..))..))..))))))
411 "Project :  comparison series: NNF x3 2-2 fused" ((((((..(..(..((((....))))..)..)..))))))
412 "Project : comparison series: NNF x3 1-1 near" ((((((.(((.(((.((((....)))).))).))).))))))
413 "Project : comparison series: NNF x3 1-1 next" ((((((.((.((.((((....)))).)).)).))))))
414 "Project : comparison series: NNF x3 1-1 fused" ((((((.(.(.((((....)))).).).))))))
415 "Project : 2 multiloops with neck and branches 4nt long and tetraloops" ((((((((....)))).((((..((((....))))..((((....))))..)))).))))
416 "Project : comparison series: 5N ML-I 2x 1-1-1" (((((.((((.((((....)))).((((....)))).)))).((((....)))).)))))
417 "Project :  comparison series: 5N ML-I-b 2x 1-1-1" (((((.((((....)))).((((.((((....)))).((((....)))).)))).)))))
418 "Project : Upside down T" (((((((((((((((((....))))))))..((((((((....)))))))))))))))))
419 "Project : comparison series: 7N ML-I 1-1-1 IL 3-3" (((((((...((((....))))..(((((...((((....))))...))))).)))))))
420 "Project : comparison series: 7N ML-I  1-2-3 IL 3-3" (((((((.((((....))))..(((((...((((....))))...)))))...)))))))
421 "Project : comparison series: 7N ML-I-b 1-1-1 IL 3-3" (((((((.(((((...((((....))))...))))).((((....)))).)))))))
422 "Project : Coaxial Stackng: Two Stacks (5B)" (((((.....(((((...)))))(((((....))))).....(((((...))))))))))
423 "Project : Coaxial Stacking: Two Stacks (5A)" ((((((((((...))))).....(((((....)))))(((((...))))).....)))))
424 "Project : Coaxial Stacking: Two Stacks (4B)" (((((....(((((...)))))(((((....)))))....(((((...))))))))))
425 "Project : Coaxial Stacking: 4A" ((((((((((...)))))....(((((....)))))(((((...)))))....)))))
426 "Project : Coaxial Stacking: Two Stacks (3B)" (((((...(((((...)))))(((((....)))))...(((((...))))))))))
427 "Project : Coaxial Stacking: Two Stacks (3A)" ((((((((((...)))))...(((((....)))))(((((...)))))...)))))
428 "Project : Coaxial Stacking: Two Stacks (ML 2-0-2-0)" (((((..(((((...)))))(((((....)))))..(((((...))))))))))
429 "Project : Coaxial Stacking: Two Stacks (0-2-0-2 Multiloop)" ((((((((((...)))))..(((((....)))))(((((...)))))..)))))
430 "Project : Coaxial Stacking: ??? (0-1-0-1 Multiloop)" (((((.(((((...)))))(((((....))))).(((((...))))))))))
431 "Project : Coaxial Stacking: ??? (1-0-1-0 Multiloop)" ((((((((((...))))).(((((....)))))(((((...))))).)))))
432 "Project : Hard Lab Fragments: The Cross 0-0-0-0 Multiloop" ((((((((((((....))))))((((((....))))))((((((....))))))))))))
433 "Project : Coaxial Stacking: Shape Test (4)" (((((...((((.((((.....))))))))((((((((.....)))).))))...)))))
434 "Project : Coaxial Stacking: Shape Test (3)" (((((...((((((..........))))))((((((..........))))))...)))))
435 "Project : Coaxial Stacking: Shape Test (2)" (((((...(((((....((((....))))..)))))(((((......)))))...)))))
436 "Project : Coaxial Stacking: Shape Test (1)" (((((....(((((...))))).((((..((((......))))....))))....)))))
437 "Project : Stack With Multiple Bulges (5)" (((((((((..((((((((((....((((....)))))))))...))))))))).)))))
438 "Project : Stack With Multiple Bulges (2B)" (((((((((.((((((((.((((((((....)))).)))))))).)))))))).)))))
439 "Project : Stack With Multiple Bulges (2A)" (((((.((((((((.((((((((.((((....)))))))).)))))))).)))))))))
440 "Project : Stack With Adjacent Bulges (1B)" (((((.((((((.((((((.((((....))))))).)))))).))))))))
441 "Project : Stack With Multiple Bulges (1A)" ((((((((.((((((.(((((((....)))).)))))).)))))).)))))
442 "Project : Stack With Multiple 2-nt Bulges (2B)" ((((((((((..((((((((..(((((.....)))))))))..))))))))..))))))
443 "Project : Stack With Multiple 2-nt Bulges (2A)" ((((((..((((((((..(((((((((.....)))))..))))))))..))))))))))
444 "Project : Stack With Multiple 2-nt Bulges (1B)" ((((((..((((((..((((((((.....)))))..))))))..)))))))))
445 "Project : Stack With Multiple 2-nt Bulges (1A)" (((((((((..((((((..(((((.....))))))))..))))))..))))))
446 "Project : Stack With Multiple 3-nt Bulges (2A)" (((((((((...((((((((...(((((....)))))))))...))))))))...)))))
447 "Project : Stack With Multiple 3-nt Bulges (1B)" ((((((((...((((((...(((((....))))))))...))))))...)))))
448 "Project : Stack With Multiple 3-nt Bulges (1A)" (((((...((((((...((((((((....)))))...))))))...))))))))
449 "Project : Stack With Multiple 1-1 Loops (4)" (((((.((((.((((.((((.(((((....))))).)))).)))).)))).)))))
450 "Project : Stack With Multiple 1-1 Loops (3)" (((((.(((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))).)))))
451 "Project : Stack With Multiple 1-1 Loops (2)" (((((.((.((.((.(((((....))))).)).)).)).)))))
452 "Project : Stack With Multiple 1-1 Loops (1)" (((((.(.(.(.(((((....))))).).).).)))))
453 "Project : Experimental Shape - 1" .((((((..((((((....))))))......(((((((....)))))))...)))))).
454 "Project : One Step at a Time (1)" (((((...(((.((((.((((....))))..((((....)))).)))).)))...)))))
455 "Project : loop test 6" ....((......)).............((((((.(((......))).))))))..
456 "Project : loop test 5" ....((.....)).............((((((.(((.....))).))))))..
457 "Project : loop test 4" ....((....)).............((((((.(((....))).))))))..
458 "Project : loop test 3" ....(((...))).............((((((.(((...))).))))))..
459 "Project : T6-5 S3 E4 (RS)" ......(((....))).....
460 "Project : T5-6 S3 E4 (SR)" .....(((....)))......
461 "Project : T3-3 N5 L2-2 S3 E4" ...(((((..(((....)))..)))))...
462 "Project : Small Sided" ..((.(((((((....)))(((....))))))).))..
463 "Project : Small Boot" .((((((...))...)))).
464 "Project : Blade" .((((....).).)).
465 "Project : Bumps" ..((....))..(....)..((....))..
466 "Project : kARMa" ..(((...(...)...)))..
467 "Project : Long Leg" ...((((.((...(...)...))))))...
468 "Project : Headless Bug Arm 1" ..(((((((.(....))))))))..
469 "Project : Headless Bug Arm 2" ..((((((.(..(....)..)..))))))..
470 "Project : Headless Bug Arm 3" ..((((((..(((((.....)))).)....))))))..
471 "Project : Headless Bug Arm 4" ..((((((((.(...).))))))))..
472 "Project : Headless Bug Arm 5" ..((((((.(....)).)))))..
473 "Project : Headless Bug Arm 6" ....(...((((....))))...)....
474 "Project : One Step at a Time (2)" .(((((.(((((....)))))..(((((...))))).(((((.....)))))..))))).
475 "Project : Thingamabob" ....(.(....)..)..(((....)))..
476 "Project : 3-Branched Multiloop: Lonely Triloops" .(((((...(...)...(((((....)))))...))))).
477 "Project : 3-Branched Multiloop: Triloop with Short Stack" .(((((...((...))...(((((....)))))...))))).
478 "Project : 3-Branched Multiloop: Lonely Tetraloop" .(((((...(....)...(((((....)))))...))))).
479 "Project : 3-Branched Multiloop: Lonely Pentaloop" .(((((...(.....)...(((((....)))))...))))).
480 "Project : Variations on a Theme S2E4 .1" .....((....))...((....))...((....))...((....))....
481 "Project : Triloop Mania" .(((((...)))))..(((((...)))))..(((((...)))))..(((((...))))).
482 "Project : Quadloop Mania 1" ..((((((....))))))..((((((....))))))..((((((....))))))..
483 "Project : Quadloop Mania 2" ..((((((....))))))..((((((....))))))..((((((....))))))...
484 "Project : Quadloop Mania 3" ..((((((....))))))..((((((....))))))..((((((....))))))....
485 "Project : Quadloop Mania 4" ...((((((....))))))..((((((....))))))..((((((....))))))..
486 "Project : Bistable RNA (1): Rod or Branch?" .(((((..(((((...)))))....(((((...)))))..))))).
487 "Project : Quadloop Mania 5" ...((((((....))))))..((((((....))))))..((((((....))))))...
488 "Project : Quadloop Mania 6" ...((((((....))))))..((((((....))))))..((((((....))))))....
489 "Project : Quadloop Mania 7" ....((((((....))))))..((((((....))))))..((((((....))))))..
490 "Project : Quadloop Mania 8" ....((((((....))))))..((((((....))))))..((((((....))))))...
491 "Project : Loop 1-1 Mania 1" .......((((.((((.((((.((((.((((....)))).)))).)))).)))).)))).
492 "Project : Compact Quad Multi-Loop 1" .((((((((....))))((((....))))((((....)))))))).
493 "Project : Close Multiloops (1)" .((((.((((....))))..((..((((....)))).((((....))))..))..)))).
494 "Project : Compact Tri Multi-Loop with Stack Length Four" .((((((((....))))((((....)))))))).
495 "Project : Compact Tri Multi-Loop with Stacks of Length Five" .((((((((((....)))))(((((....)))))))))).
496 "Project : TetraLoop GNRA - Just One Thing" ..(((((.(((((....))))).(((((....))))).(((((....))))).)))))..
497 "Project : TetraLoop CUYA - Just One Thing" .(((((.(((((....))))).(((((....))))).(((((....))))).)))))..
498 "Project : Tetraloop Library (1): Sequences with Known Structure" .(((((....))))).
499 "Project : Tetraloop Library (2): Modified Stack" .(((((....))))).
500 "Project : Tetraloop Library (3): Modified Closing Pair" .(((((....))))).
501 "Project : (..(.(((...))).(((...))).)..)" (..(.(((...))).(((...))).)..)
502 "Project : PDB Jigsaw Puzzle 1" ..((((((((((....)))))....(((((....)))))..)))))..
503 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 x2 3NTS" (((((((..(((((...)))))..(((((...)))))..)))))))
504 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 x2 5NTS" (((((((..(((((.....)))))..(((((.....)))))..)))))))
505 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 x2 6NTS" (((((((..(((((......)))))..(((((......)))))..)))))))
506 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 x2 7NTS" (((((((..(((((.......)))))..(((((.......)))))..)))))))
507 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 x2 8NTS" (((((((..(((((........)))))..(((((........)))))..)))))))
508 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 x2 9NTS" (((((((..(((((.........)))))..(((((.........)))))..)))))))
509 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 x2 10NTS" (((((((..(((((..........)))))..(((((..........)))))..)))))))
510 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 3 (((((((..(((((...)))))..(((((....)))))..)))))))
511 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 4 (((((((..(((((....)))))..(((((...)))))..)))))))
512 "Project : comparison series:  ML-I 2-2-2 5 (((((((..(((((.....)))))..(((((...)))))..)))))))
513 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 6 (((((((..(((((......)))))..(((((...)))))..)))))))
514 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 7 (((((((..(((((.......)))))..(((((...)))))..)))))))
515 "Project : comparison series:  ML-I 2-2-2 8 (((((((..(((((........)))))..(((((...)))))..)))))))
516 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 5 (((((((..(((((.....)))))..(((((....)))))..)))))))
517 "Project : comparison series: ML-I 2-2-2 8 (((((((..(((((........)))))..(((((....)))))..)))))))
518 "Project :  comparison series: ML-I 2-2-2 7 (((((((..(((((.......)))))..(((((.....)))))..)))))))
519 "Project : Bug 11" .((.((..((.((..((.((....))..)).))..)).)).....)).
520 "Project : I Dont Know" (((((.....)))))
521 "Project : idk" ((((((((((....................))))))))))
522 "Project : ajdfhld" ((((((((((((((((((((....................))))))))))))))))))))
523 "Project : Triloop Forked FMN" ...((((......(((((((((...))))((((...))))))))).....))))...
524 "Project : mnm7198's project" ....((((.((.....))....(((...)))....((.....)).))))....
525 "Project : Whale of a Tale" (((((((((((((((......))((......)))))))))))))))
526 "Project : Ameoba Campaign" .....(((((...)))))....((((.....))))..((((...))))...
527 "Project : Genetic Sequences: Solving Paired 1-1 and 2-2 Loops" ((((.(.(..(.(....).)..).).))))
528 "Project : Genetic Sequences: Solving Puzzles with Short Stacks Between Loops" ..(((((.((.(.(....).))))).(.((((...)))).)..)))
529 "Project : Genetic Sequences: Solving Many Small Loops " (((..((..((..(....).)).)).))).(....)..(....).......
530 "Project : Genetic Sequences: Soving Smaller Loops" ...(....)..(((.(....)((((.......)))).)))..
531 "Project : Genetic Sequences: Solving Hexagons without Stacks" (.(((((((..(....)..(....)..(....)..(....)..))))))).)
532 "Project : Genetic Sequences: Solving Multiloops Reposted" .....((((...((((....(..(....)..)....))))..)))).....
533 "Project : Genetic Sequences: Curve" ((((.(.(.(.(((.((......))))))))))))
534 "Project : Genetic Sequences: Curve 2" ((((.(.(.(.((((((((((......))).).).).)))))))))))
535 "Project : TRNA-Phe Yeast" (((((.((((....)))).((((.....))))((....))(((((....))))).)))))
536 "Project : Cytosine Free 2" ...((((((..((.....(((.(....).)))..))..))))))................
537 "Project : Genetic Sequences: Hairpin Loop" ((((....))))
538 "Project : Genetic Sequences: 2-1 Loops" ((((((..(..(..(.(((((.((....).)..))))).).).).))))))..
539 "Project : Rattus norvegicus miRNA" ..(((.(((..((.(..(...)..).)).))).(....).((..(...)..)).))).
540 ""Sea Turtle" for New Players" ((((((((((...))))..))).)))..(((..(((.(((.(((.(((..(((...)))))).))))))))))))
541 "TEBOWNED mutation - BH" .....((((......((((....)))).....)))).(((((....))))).....................
542 "TEBOWNED mutation - U" ..........................(((((((............)))))))....................
543 "TEBOWNED mutation - B" .....((((......((((....)))).....))))....................................
544 "Codon riboswitch [histidine]" ....((....)).(((..((((((((((((((....)).)).))))))))))..)))
545 "Test - Shape 0" ......
546 "Test - Shape 1" ((((....))))
547 "Example project for renewal 2 - Shape 0" ((((((.....((....(((((.(((......))).)))))....))...))))))..
548 "Example project for renewal 2 - Shape 1" .(((((.....((....(((((.(((......))).)))))....))...)))))...
549 "Example project for renewal 2 - Shape 2" ..((((.....((....(((((.(((......))).)))))....))...))))....
550 "Example project for renewal 2 - Shape 3" ((.(((.....((....(((((.(((......))).)))))....))...))).))..
551 "Example project for renewal 2 - Shape 4" .................(((((.(((......))).))))).................
552 "Example project for renewal 2 - Shape 5" (((((....)))))...(((((.(((......))).))))).................
553 "Test LAB - Shape 0" ........
554 "Nando's Zippers - Shape 0" .....((((.........)))).((((......))))...
555 "Nando's Zippers - Shape 2" ......((((((.........)))))).............
556 "Nando's Zippers - Shape 3" ..................((((((......))))))....
557 "Nando's Zippers - Shape 4" .....((((((.....)))))).((((......))))...
558 "Nando's Zippers - Shape 5" ......(((((((.......))))))).............
559 "Nando's Zippers - Shape 6" ......(((.........)))..((((......))))...
560 "Nando's Zippers - Shape 7" ..................(((((........)))))....
561 "Nando's Zippers - Shape 8" ..................(((((((....)))))))....
562 "Nando's Zippers - Shape 10" .................(((((((......)))))))...
563 "test - Shape 0" .((((((((((((((....(((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))
564 "test - Shape 1" ((..((.(......)))....(((((((....).)))..))).(((....).))..)).....
565 "test - Shape 2" ..((((((((((....)))))((..((((((....)))).((((....))))))..)))))))
566 "test - Shape 3" .(((((((((((((((...)))))))(((((...)))))((((((...)))))))))))))).
567 "test - Shape 4" ..(((((((((((((((((((((((.............)))))))))))))))))))))))..
568 "test - Shape 5" ((((.......................................................))))
569 "test - Shape 6" (((.((.(...).)).)))..(((.((.(.....).)).))).(((.((.(....).)).)))
570 "test - Shape 7" ((((..((((((((....)))))))).((((....))))....................))))
571 "test - Shape 9" ...((.((.((.((.((.((.((.................)).)).)).)).)).)).))...
572 "test - Shape 10" (((((((.((((((....))))))))))))).(((((((((((((....)))))).)))))))
573 "test - Shape 12" (((....)))
574 "test - Shape 13" ((((...)))).(((((((((.........((((..((.....)).....))))..(((((...((....)))))))..))))))))).
575 "test - Shape 14" (((((((.(((((....))))).)))))))
576 "test - Shape 15" (((((((.(((((...))))).)))))))
577 "test - Shape 16" (((((((.(((((.....))))).)))))))
578 "test - Shape 17" (((((((.(((((......))))).)))))))
579 "test - Shape 18" .(((((((((((((.(.(((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))..
580 "test - Shape 19" .(((((((.((((..((((....))))..)))).(((((((....))))))).)))))))...
581 "test - Shape 20" .((((..((((.((((..((((....))))..)))).((((....)))).))))..))))...
582 "Aptamer secondary structure - Shape 0" ...(((((((((...((((.(((......((((....))))((((((......)))))).))).)))).))))))))).................
583 "Test sequence pilot - Shape 0" ..
584 "Hairpin Loop Comparison Pilot - Shape 0" .........((((((....))))))....................
585 "Hairpin Loop Comparison Pilot - Shape 1" .........((((((.....))))))....................
586 "Hairpin Loop Comparison Pilot - Shape 2" .........((((((.....))))))....................
587 "Hairpin Loop Comparison Pilot - Shape 3" .........((((((.......))))))....................
588 "Hairpin Loop Comparison Pilot - Shape 4" .........((((((........))))))....................
589 "SHAPE Profile - G/A Hairpin Terminal Mismatch and Neighboring Base Pairs CNGgaaaaCNG - Shape 0" ....((((((((.....)))))))).......
590 "Stanford Switch Puzzle" ..........((((.....)))).....((((((........)))))).....(((((((....))))))).....................
591 "Multistate RNA - CC/G bulge - Shape 0" ....((((((.((((((....)))))))))))).....
592 "Testing - Shape 0" ....
593 "Reproducibility Lab 2 - Shape 0" .((((((((((((((....(((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))
594 "Reproducibility Lab 2 - Shape 19" .(((((((.((((..((((....))))..)))).(((((((....))))))).)))))))...
595 "Multistate RNA Sequence - 2 Residues" .......((((..((((..((((....))))..((((....))))..))))..)))).......
596 "Multistate RNA Sequence - 4 Residues" .......((((..((((..((((....))))....((((....))))..))))..)))).......
597 "Hairpin Loop Comparison Pilot - Stem Comparison Tests" .........((((((.....)))))).....................
598 "14-stack tetraloop hairpin" ..((((((((((((((....))))))))))))))..
599 "20-stack hexaloop hairpin" ..((((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))).
600 "Sarcin-ricin vs boosted internal loops - Shape 0" ..((((......(((((................((((....)))).....))))).....))))
601 "Sarcin-ricin vs boosted internal loops - Shape 1" ..((((.....(((((................((((....)))).....)))))....))))
602 "Sarcin-ricin vs boosted internal loops - Shape 2" ..((((....(((((................((((....)))).....)))))...))))
603 "Sarcin-ricin vs boosted internal loops - Shape 3" ..((((.....(((((................((((....)))).....))))).....))))
604 "Sarcin-ricin vs boosted internal loops - Shape 4" ..((((....(((((................((((....)))).....)))))....))))
605 "Sarcin-ricin vs boosted internal loops - Shape 5" ..((((...(((((................((((....)))).....)))))...))))
606 "Poly (A) Structure Analysis 2" .....((((((((((....((((((((((........))))))))))....))))))))))........
607 "2-2 Superboost" ........(..((((((..(((((((..(...)..)))))))..))))))..)........
608 "Apical Loop Comparison - Dissimilar Stem Sequences - Shape 0" ....................(((((((....)))))))...........
609 "Effects of Base Pair Mutations on the RNA Ensemble and Reverse Transcription - Shape 0" ....(((((....))))).......
610 "Shiftable puzzle test" ((((....))))
611 "Test project - Shape 0" ....
612 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 0" (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......))))))))....
613 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 1" (((((((..(((..........))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))....
614 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 2" (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
615 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 3" ((((....))))..........((((.(((......((((....))))(((((.......)))))..))).)))).
616 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 4" (((((((..((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))....
617 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 6" (((((((..((((........))))...((((((..(.((((((((((((....))))...))))).))).)..))))))...))))))).
618 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 7" (((((((..((((........)))).(((((((..((((((.((((....))))...))))))..))))))).......)))))))....
619 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 8" (((((((..((((........)))).(((((.((((..(....)..)))).))))).....(((((.......)))))))))))).
620 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 9" (((((((..((((........))))...((((((..((((((.......)))))).))))))...)))))))....
621 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 10" (((((((((((((........)))((((((....)))))).(((((...(((((......)))))..)))))....))).))))))).
622 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 11" (((((((..((((........)))).(((((((..((((......))))..))))))).......)))))))....
623 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 12" ((((((((.((((........))))...((((((...(((.(((.((.(.......).)).))).)))))))))..)))))))).
624 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 13" ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).
625 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 0" (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......))))))))....
626 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 1" (((((((..(((..........))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))....
627 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 2" (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
628 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 3" ((((....))))..........((((.(((......((((....))))(((((.......)))))..))).)))).
629 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 4" (((((((..((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))....
630 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 6" (((((((..((((........))))...((((((..(.((((((((((((....))))...))))).))).)..))))))...))))))).
631 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 20" .....((((((..((((((....((......(((.((((.((((((((....))))).))))))).))))).)))))))))))).
632 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 7" (((((((..((((........)))).(((((((..((((((.((((....))))...))))))..))))))).......)))))))....
633 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 21" ((((((((((.((((((((.....(.(((((.......))))).)..))))...))))..))..))))))))....
634 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 8" (((((((..((((........)))).(((((.((((..(....)..)))).))))).....(((((.......)))))))))))).
635 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 22" (((((((.((((....)))).........(((((..(((.((((((((....))))).))))))..)))))...)))))))....
636 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 9" (((((((..((((........))))...((((((..((((((.......)))))).))))))...)))))))....
637 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 10" (((((((((((((........)))((((((....)))))).(((((...(((((......)))))..)))))....))).))))))).
638 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 11" (((((((..((((........)))).(((((((..((((......))))..))))))).......)))))))....
639 "Investigation of Alternative Human tRNA Structures - Shape 24" ((((((...(((...(.((((..((.(((((((((.(((((((...)))))))..)))...))))))))..)))).).)))(((((.......))))).))))))....
640 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 12" ((((((((.((((........))))...((((((...(((.(((.((.(.......).)).))).)))))))))..)))))))).
641 "Alternative structure space for human tRNAs - Shape 13" ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........
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Thank you.